Е. Е. Сапогова закончила факультет психологии МГУ им. М. В. Ломоносова в 1982 г. В 1986 г. после окончания аспирантуры в НИИ Общей и педагогической психологии АПН СССР и НИИ дошкольного воспитания АПН СССР (научный руководитель — В. В. Давыдов) защитила кандидатскую диссертацию "Психологические особенности переходного периода в развитии детей 6-7-летнего возраста", посвящённую кризису семи лет. В 1986-1989 гг. работала в должности ассистента кафедры философии в Тульском политехническом институте, в 1989-1991 гг. — в должности доцента кафедры психологии Тульского государственного педагогического института им. Л. Н. Толстого.
В 1994 г. после окончания докторантуры Психологического института РАО (научный консультант — В. В. Давыдов) защитила докторскую диссертацию на тему "Развитие знаково-символической деятельности у детей дошкольного возраста" (19.00.07). По итогам экспериментальной работы опубликована монография "Ребёнок и знак" (1993). Практическое приложение диссертации — развивающая программа "Азбука воображения" — с 1992 г. реализуется во многих регионах России. В 1994-1997 гг. работала в должности доцента, профессора кафедры психологии Тульского государственного педагогического университета им. Л. Н. Толстого. В 1997 г. присуждено учёное звание профессора.
В 1997 г. организована кафедра психологии Тульского государственного университета, выпускающая психологов по направлению 030300 (521000) и специальности 030301 (020400) — "Психология", профессором и заведующей которой Е. Е. Сапогова является со дня основания до настоящего времени. С 1997 г. Е. Е. Сапогова является руководителем аспирантуры по специальности 19.00.13 — "Психология развития, акмеология", защищены пять кандидатских диссертаций. В 2000 г. по инициативе и под руководством Е. Е. Сапоговой проведена Международная научно-практическая конференция "Психология на рубеже веков: наука, практика, преподавание", в 2004 — Всероссийская научная конференция "Развивающийся человек в пространстве культуры: психология гуманитарного знания", в 2008 — "Человек в современном социуме: культура, этнос, гендер".
С 2000 по 2007 г. под редакцией Е. Е. Сапоговой издавался сборник "Известия ТулГУ. Серия "Психология", с 2006 г. издаётся сборник исследований молодых учёных "Психологическая студия", с 2007 г. — сборник научных трудов кафедры психологии ТулГУ "Психосфера".
Для специальности "Психология" разработаны учебные курсы "Введение в психологическую профессию", "Введение в общую психологию", "Психология мотивации, эмоций, воли", "Человек, индивид, личность, индивидуальность", "Психология развития, возрастная психология", "Психология личности", "Психолингвистика, психосемиотика, психогерменевтика", "Основы практического психоанализа", "Консультативная психология", "Этническая психология", "Ребёнок в структуре семейных отношений", "Нарратология и нарративная психология". Опубликованы книги "Шестилетний ребёнок" (1992), "Ребёнок и знак" (1993), "Азбука воображения: Практическое руководство по развитию воображения дошкольников" (1995), "Сто игр для больших и маленьких" (2002), "Психология развития: Ретроспективы и перспективы становления человека" (2000), "1001 задача по психологии" в 4-х кн. (1999); "Психология развития человека" (2001), "Задачи по общей психологии" (2001), "Культурный социогенез и мир детства: Лекции по историографии и культурной истории детства" (2004), "Консультативная психология" (2008) и др.
Опубликовано более 160 научных работ.