Борис Даниилович Эльконин родился в 1950 году в городе Москве. В 1967 г. поступил на факультет психологии МГУ, который окончил в 1972 г.
В период 1972–990 годов работал в лаборатории психологии детей младшего школьного возраста Психологического Института РАО, руководимой академиком В.В. Давыдовым.
В 1982 году защитил кандидатскую диссертацию по теме «Знаковое опосредствование решения задач на соображение». С 1993 года заведует лабораторией теоретических и экспериментальных проблем психологии развития того же института. В 1995 году защитил докторскую диссертацию по специальности «психология развития».
С 1998 года, после кончины В.В. Давыдова, руководит коллективом его бывших сотрудников и становится вице-президентом Международной Ассоциации Развивающего обучения (МАРО).
С 1999 года, в рамках работы ассоциации, запускает программу «Развивающее обучение в подростковой школе (система Д. Б. Эльконина – В. В. Давыдова)». С 2000 года руководит сетью экспериментальных площадок МАРО по разработке системы развивающего обучения в подростковой школе(6–9 классы).
Психолог Б.Д. Эльконин является представителем одной из центральных концепций мировой психологии – школы Л.С. Выготского. Ведет исследования, разработки и имеет более семидесяти публикаций по проблемам психологии развития, возрастной и детской психологии, теории действия, психологии творческого мышления, педагогической психологии, теории и практики образования.