Игорь Семенович Кон родился 21 мая 1928 года в Ленинграде. Окончил исторический факультет Ленинградского Пединститута имени А.И. Герцена (1947) и две аспирантуры, по новой истории и по философии (1950). Кандидат исторических наук (1950), кандидат философских наук (1950), доктор философских наук (1960), профессор (1963), академик Российской Академии образования (1989), почетный профессор Корнелльского университета (1989), доктор honoris causa университета Серрей (1992).
Работал в Вологодском пединституте (1950-1952), Ленинградском химико-фармацевтическом институте (1953-56), Ленинградском Гос. Университете (1956-1967), Институте философии АН СССР (1976-68), Институте конкретных социальных исследований АН СССР (1968-1972), Институте общественных наук (1972-1974). С 1975 - главный научный сотрудник Института этнологии и антропологии РАН. Занимался исследовательской и преподавательской работой в ряде ведущих университетов США и Европы.
Ответственный редактор ряда коллективных трудов и серийных изданий ("Словарь по этике", "Этнография детства" и др.). Член нескольких международных научных сообществ и академий (International Academy of Sex Research; European Association of Experimental Social Psychology; International Sociological Association; Polish Academy of Sex Research; Deutsche Gesellschaft fur Sexualforschung; European Association for Adolescent Psychology и др) и редакционных советов ряда научных журналов ("Человек", "Archives of Sexual Behavior," "Zeitschrift fur Sexualforschung," "Journal of Homosexuality", "Journal of the History of Sexuality", "Childhood", "Current Sociology", "Sexualities", "Men and Masculinities").
Скончался 27 апреля 2011 года от продолжительной болезни.