В 1970-1976 училась на филологическом факультете МГУ им. М.В.Ломоносова.
С 1978 по 1981 – аспирантура МГУ на кафедре русской литературы.
В мае 1982 г. – защита в МГУ диссертации «Роман Л.Н.Толстого “Воскресение”. Жанровое новаторство и проблема традиций» на соискание уч. степ. кандидата филологических наук.
С 1982 по 1998 – преподавательская работа в Московском педагогическом государственном университете им. Ленина на кафедре русской литературы филологического факультета, где до настоящего времени и остается по совместительству в должности профессора.
В мае 1997 г. в МПГУ защитила диссертацию «Проза С.В.Максимова. Текстология и вопросы поэтики» на соискание уч. степ. доктора филологических наук.
С 1998 г. работает в Институте мировой литературы им А.М.Горького РАН в должности ведущего научного сотрудника Отдела русской классической литературы.
С апреля 2002 г. – зав. Отделом русской классической литературы ИМЛИ РАН.
М.И.Щербакова – заместитель главного редактора академического Полного собрания сочинений Л.Н.Толстого в 100 томах, член Научного совета РАН «История мировой культуры» и председатель Толстовской комиссии в структуре этого Совета. Состоит членом Ученого совета ИМЛИ РАН.
Автор более 60 научных трудов ответственный редактор и подготовитель
нескольких томов академического ПСС Л.Н. Толстого. Основная научная
деятельность посвящена истории русской литературы второй половины XIX века,
творчеству Л.Н. Толстого, Н.Н. Страхова, С.В. Максимова, архивным разысканиям,
подготовке к печати разных текстов и комментированию.
Публиковалась в «Известиях РАН. Серия литературы и языка» (1999, 2004),
«Российском архиве» (1999), журналах «Русская литература» (1999, № 3), «Москва»
(2004, № 10); в научных сборниках «Толстой и о Толстом. Исследования и
материалы» (2002), «Яснополянский сборник» (2003), «Толстовский ежегодник»
(2003); серия статей помещена в «Энциклопедии литературных произведений» и
«Пушкинской энциклопедии» (1998, 1999).
К 80-летию чл.-корр. РАН Л.Д. Громовой-Опульской подготовлен том избранных трудов ученого (М., «Наука», 2005); составитель и ответственный редактор – М.И.Щербакова.
В 2004-2005 гг. являлась руководителем научного проекта по гранту Министерства образования и науки Российской Федерации «Текстологическая школа ИМЛИ: теория и практика».
Активно занимается организацией преподавания текстологии в вузах: созданы программа курса «Текстология» для филологических факультетов, программа кандидатского минимума по специальности «Теория литературы. Текстология», написана глава «Текстология» в учебник «Введение в литературоведение» (М., 2005).
Член диссертационных советов в ИМЛИ РАН (Д. 002.209.02) и Псковском государственном педагогическом институте (К 212.192.01).
Организатор и участник многих международных и общероссийских научных конференций в ИМЛИ РАН, ИРЛИ РАН, Москве, Санкт-Петербурге, Ясной Поляне, Белгороде, Ярославле, Оттаве, Ереване, Бухаре, Сухуме, Дели.
В 2004 г. к 190-летию со дня рождения М.Ю.Лермонтова «за личный вклад в отечественную многонациональную культуру и укрепление российской государственности награждена медалью Лермонтова».
В 2005 г. как иностранный сотрудник Центра Славянских исследований Оттавского университета (Канада) награждена памятной медалью за активную работу.